Am 22. September 2006 kam es zu einem schweren Unfall auf der Transrapid-Versuchsstrecke zwischen Meppen und Papenburg im Emsland. Um 9:55 Uhr prallt ein Transrapid mit einer Geschwindigkeit von 170 km/h auf ein Wartungsfahrzeug, welches auf der Fahrspur steht. An Bord des Transrapid befanden sich 31 Menschen.

Laut eines Untersuchungsausschusses des Niedersächsischen Landtags und der Staatsanwaltschaft war menschliches Versagen schuld am Unfall, da der Fahrdienstleiter das Wartungsfahrzeug auf der Strecke nach der Kontrollfahrt vergas. Um 9:52 Uhr gab die Leitstelle die Fahrerlaubnis. Außerdem wurde das Sicherheitskonzept als lückenhaft beschrieben.

Im Jahr 2011 wird die Teststrecke endgültig geschlossen.