Ein Schwerpunkt der Arbeit des BMG ist der Gesundheitsschutz der Bevölkerung. Darunter fällt auch der Gesundheitliche Bevölkerungsschutz. Dieser beinhaltet die Gesamtheit der Maßnahmen zum Gesundheitsschutz der Bevölkerung bei unmittelbaren und erheblichen Gefahrenlagen. Im Rahmen des Gesundheitswesens werden Systeme geschaffen, die den erkannten und prognostizierten Risiken kurz-, mittel- und langfristig vorbeugen und sie bewältigen sollen.
Weiterhin spielt die Reform und Optimierung der ambulanten und stationären Notfallversorgung sowie der Notfallmedizin und Infrastruktur im Gesundheitswesen, beispielsweise durch die Reform der Strukturen der Krankenhausversorgung (Krankenhausstrukturgesetz - KHSG) und dem Gesetz zur Reform der Notfallversorgung in der Vorbereitung und Bewältigung einer Lage, eine große Rolle. Es trägt zudem, entsprechend des Nationalen Pandemieplans, zum Krisenmanagement im Falle einer Pandemie bei. So beruft im Pandemiefall das BMG als federführendes Bundesministerium seinen Krisenstab ein. Verbindungspersonen aus anderen Ressorts oder den Ländern können zu den Sitzungen eingeladen werden. Der Krisenstab ist in nationale und internationale Strukturen eingebunden und stellt damit die Bündelung der Informationen und die Entwicklung von Strategien zur Bewältigung der gesundheitlichen Schadenslage sicher. International sind der Krisenstab und die Behörden des Geschäftsbereichs eingebunden in die entsprechenden Gremien und Schnellwarnsysteme der EU, der WHO und der Globalen Initiative für Gesundheitssicherheit (Global Health Security Initiative, GHSI). Im Fall einer Pandemie mit insbesondere der Gefahr der Störung der Kritischen Infrastruktur oder für bioterroristische Lagen haben das BMG und das Bundesministerium des Innern (BMI) einen gemeinsamen Krisenstab vorgesehen.
Im Krisenfall, aber auch bei der Krisenvorsorge kommt den Gremien der EU aufgrund der geographischen Nähe und gesellschaftlichen Verflechtung der Mitgliedstaaten eine besondere Bedeutung zu. Das BMG wirkt deshalb an europäischen Bemühungen mit, das institutionelle Gefüge zur gemeinschaftlichen Vorsorge gegen grenzüberschreitende Gesundheitsgefahren zu verstärken und bestehende Strukturen der gemeinschaftlichen Krisenbewältigung zu verfestigen. Darüber hinaus ist es in europäische Entscheidungsprozesse eingebunden, in denen etwa Maßnahmen zur Steuerung des grenzüberschreitenden Reiseverkehrs abgestimmt werden. Das gewährleistet einen effektiven Gesundheitsschutz und erhält zugleich den europäischen Freizügigkeitsraum aufrecht.
Das BMG ist weiterhin bestrebt, Risiken im Interesse einer ganzheitlichen Gesundheitspolitik frühzeitig zu erkennen, sich auf sie vorzubereiten und sie zu bewältigen. Dabei sind zum einen die nationalen Gesundheitsziele als ein ergänzendes Steuerungsinstrument im Gesundheitswesen zu nennen. Sie streben die Verbesserung der Gesundheit Einzelner oder bestimmter Gruppen in definierten Bereichen an und setzen sich auch für eine Stärkung von gesundheitsfördernden Strukturen ein. Impfungen gehören dabei zu den wichtigsten und wirksamsten präventiven Maßnahmen, die in der Medizin zur Verfügung stehen, um sich vor einer ansteckenden Krankheit zu schützen. Das BMG hat mit der Ständigen Impfkommission (STIKO) ein unabhängiges Expertengremium für Impfempfehlungen berufen. Die STIKO empfiehlt, welche Impfungen von hohem Wert für den Gesundheitsschutz des Einzelnen und der Allgemeinheit sind, um übertragbaren Krankheiten vorzubeugen.
Auch betrachtet das BMG mit dem One Health-Ansatz die Gesundheit von Mensch und Tier ganzheitlich und wirkt beispielsweise im Rahmen der Deutschen Antibiotika-Resistenzstrategie (DART, 2020) Antibiotikaresistenzen und der Übertragungen von Krankheitserregern entgegen. Darüber hinaus erarbeitet das BMG in Zusammenarbeit mit dem BMU Empfehlungen, sich auf die Auswirkungen des Klimawandels auf die Gesundheit anzupassen, wie beispielsweise bei häufigeren und längeren Hitzewellen oder dem Auftreten neuer neue Krankheitserreger durch den Klimawandel.
Das BMG engagiert sich zudem innerhalb einer interministeriellen Arbeitsgruppe, der IMAG Sendai, welche die Umsetzung des Sendai Rahmenwerks für die Bundesregierung koordiniert.